Las salas de trabajo e investigación están repartidas por los diferentes campus y bibliotecas:

Campus histórico (Alcalá): CRAI-Biblioteca

Campus científico-tecnológico (Alcalá):

Biblioteca de Medicina y Ciencias de la Salud

Biblioteca de Ciencias

Biblioteca de Farmacia

Biblioteca Politécnica

Campus Guadalajara: Biblioteca de Educación